支払いの手間を削減！請求・入金管理を自動化するサービス5選

「毎月の請求書発行作業に追われて、コア業務に集中できない」「入金確認（消込）作業でのミスがなくならない」といった悩みを抱えていませんか？

特に企業間取引（B2B）や、件数の多いレンタル・EC事業においては、請求から入金確認までの一連の業務（Billing & Payment）は大きな負担となりがちです。アナログな管理を続けていると、ヒューマンエラーのリスクが高まるだけでなく、未入金の督促という精神的負担の大きい業務も発生します。

そこで本記事では、煩雑な経理業務を劇的に効率化する「請求・入金管理自動化サービス」を5つ厳選してご紹介します。今回は特に、ShopifyなどのECプラットフォームと連携しやすく、通販・レンタル事業と相性の良いサービスを中心にピックアップしました。

請求・入金管理の自動化とは？導入のメリット

請求・入金管理システムとは、見積もりの作成から請求書の発行・送付、入金状況の確認（消込）、さらには未入金時の督促までをデジタル化・自動化するサービスのことです。

Excelや紙ベースでの管理から専用システムへ移行することで、以下のようなメリットが得られます。

業務時間の削減：手作業での入力や封入作業がなくなり、経理担当者の負担を大幅に減らせます。
ミスの防止：金額の入力ミスや請求漏れ、消込ミスなどのヒューマンエラーを防げます。
キャッシュフローの安定：入金遅延を即座に検知できるほか、「請求代行（保証型）」のサービスを使えば、未回収リスク自体を回避できます。

自社に合うサービスの選び方

数多くのサービスの中から自社に適したものを選ぶ際は、以下の3つのポイントを確認しましょう。

1. 「代行型」か「管理型」か

サービスは大きく分けて、請求業務のシステム化のみを行う「管理型」と、与信審査から回収・入金保証までを請け負う「代行型（フィンテック型）」があります。

管理型：コストを抑えて、発行や消込の作業効率だけを上げたい場合におすすめ。
代行型：未回収リスクをゼロにしたい、督促業務を完全に手放したい場合におすすめ。

2. ShopifyなどのECカートと連携できるか

ECサイトやレンタルサイトを運営している場合、最も重要なのが「カートシステムとの連携」です。Shopifyなどのプラットフォームに対応した「連携アプリ」があるサービスを選べば、注文データが自動で請求管理システムに同期されるため、二重入力の手間がなくなります。

3. コスト体系

初期費用や月額固定費に加え、代行型の場合は「決済手数料（1〜5%程度）」が発生します。取引規模や件数に応じて、トータルコストが見合うかをシミュレーションすることが重要です。

Shopifyでも使いやすい！請求・入金管理自動化サービス5選

ここからは、Shopifyアプリが存在するなど、EC・レンタル事業者にとって導入しやすい主要なサービスを紹介します。

1. マネーフォワードケッサイ（Money Forward Kessai）

家計簿アプリや会計ソフトでおなじみのマネーフォワードグループが提供するB2B向け企業間後払い決済・請求代行サービスです。

Shopify連携：専用アプリあり
特徴：与信審査から請求書発行、代金回収、入金確認、督促までをすべて代行。入金保証があるため、貸し倒れリスクを回避できます。Shopifyアプリを使えば、注文時に自動で与信がかかるため運用が非常にスムーズです。
おすすめ：新規取引先が多く、与信管理や督促業務を完全にアウトソースしたい企業。

2. NP掛け払い

株式会社ネットプロテクションズが提供する、B2B決済サービスのパイオニア的存在です。

Shopify連携：専用アプリあり
特徴：業界トップクラスの導入実績を持ち、最短即時の与信スピードが魅力。請求書払いだけでなく、口座振替にも対応しています。Shopify上の注文とシームレスに連携可能です。
おすすめ：個人事業主との取引が多く、スピーディーな与信を求める企業。

3. Paid（ペイド）

株式会社ラクーンフィナンシャルが運営するB2B決済代行サービスです。導入企業数が多く、低コストでスタートできる点が支持されています。

Shopify連携：専用アプリあり
特徴：初期費用・月額費用がかからないプランがあり、スモールスタートが可能。Shopify連携アプリも提供されており、B2B卸サイトやレンタルサイトでの掛売り導入のハードルを下げてくれます。
おすすめ：コストを抑えて掛売り（後払い）を導入したいEC事業者やスタートアップ。

4. freee請求書

クラウド会計ソフトfreeeが提供する請求書作成・管理サービスです。

Shopify連携：会計ソフト側で連携可能
特徴：インボイス制度や電子帳簿保存法に完全対応。Shopifyの売上データを「freee会計」に取り込むことで、請求・消込・仕訳の一連の流れを一気通貫で管理しやすくなります。
おすすめ：すでにfreee会計を利用しており、経理業務全体を統合したい企業。

5. 楽楽明細

株式会社ラクスが提供する、電子請求書発行システムです。

Shopify連携：CSV連携
特徴：Shopifyから出力した注文データをCSVで取り込むことで、WEB発行、メール添付、郵送代行などを自動化できます。「レイアウトの自由度」や「使いやすさ」に定評があり、大量の請求書発行がある場合に威力を発揮します。
おすすめ：「入金保証」までは不要だが、毎月の請求書発行・発送作業の手間を劇的に減らしたい企業。

EC・レンタル事業におけるバックオフィスの重要性

物販やレンタル事業において、売上を上げる「フロント業務」と同様に重要なのが、注文後の処理を行う「バックオフィス業務」です。

特にShopifyなどでレンタルサイトを運営する場合、通常の物販とは異なり、商品の発送・返却管理に加え、延滞金といった「イレギュラーな請求」が発生することがあります。これらの管理が煩雑になると、顧客満足度の低下や機会損失につながりかねません。

請求管理システムで金銭のやり取りを効率化すると同時に、商品の貸し出し管理自体も、専用のシステムを使って自動化・効率化することが事業成長の鍵となります。

Shopifyでのレンタル管理なら「レンタルGO」

もし、Shopifyで構築したサイトでレンタル事業を行っている、あるいはこれから始めようと考えているなら、レンタル管理アプリ「レンタルGO」の活用も検討してみてください。

外部の請求管理サービスがお金の管理を効率化するように、レンタルGOは「商品の貸し出し管理」における複雑な業務をShopify上でシンプルに解決します。

レンタルGOで実現できること：

カレンダー予約機能：お客様がWeb上で利用期間を選択し、そのまま注文できます。
在庫の自動管理：注文完了と同時に在庫が確保されるため、ダブルブッキングのリスクを低減できます。
配送と店舗受取の両立：配送レンタルだけでなく、実店舗での受け取り設定も可能です（※商品の在庫は配送用と店舗用で分けて登録する必要があります）。

請求管理システムと合わせて、レンタル業務そのもののDX（デジタルトランスフォーメーション）を進めることで、より筋肉質な事業運営が可能になります。

合わせて読みたい

レンタル事業の業務効率化に関する記事もぜひ参考にしてください。

まとめ

請求・入金管理の自動化は、業務コストを削減するだけでなく、未回収リスクを減らし、企業の信頼性を高めるための重要な投資です。

特にShopifyを利用している場合は、今回紹介した「Money Forward Kessai」「NP掛け払い」「Paid」のような連携アプリがあるサービスを選ぶと、導入も運用もスムーズに進みます。

また、Shopifyでのレンタル事業における「在庫管理」や「注文管理」の効率化には、専用アプリの導入が効果的です。バックオフィス全体を見直し、事業の成長を加速させましょう。

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この記事の監修者

株式会社ミライガタリ代表取締役上岡裕
多数のレンタル事業者のサポートを行い、業界に特化した豊富な実績を持つ。自身が代表を務める株式会社ミライガタリにてレンタル事業EC構築サービス『レンタルGO』を提供中。
ECサイト構築、予約アプリ/マッチングアプリ等のプロダクト開発を手がける中、商工会議所等の相談員講師としても活動し、多くの事業者のマーケティング支援、DX化による経営改善等を行う。
都城工業高等専門学校卒。1児の父。